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Cabe à Gerência de Sistemas de Informação e Faturamento gerenciar e dar suporte técnico em todos os sistemas de informação que a Secretaria Municipal de Saúde utiliza, além de manter atualizados: o Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde (CNES), o Sistema de Informação Ambulatorial (SIA), o Boletim de Produção Ambulatorial (BPA), e o Sistema de Informação Hospitalar Descentralizado (SIHD).
É de sua competência ainda acompanhar a Produção da Saúde no respeito ao faturamento.